Den Backofen auf 180 °C Umluft vorheizen und eine Silikonmuffinform sorgfältig mit Butter oder Olivenöl einfetten.
Eier in einer Schüssel aufschlagen, Milch und Mehl dazugeben und mit dem Schneebesen glatt rühren, bis keine Klümpchen mehr sichtbar sind. Mit Salz, Pfeffer und Muskatnuss abschmecken.
Schinken in kleine Würfel (ca. 1 cm) schneiden. Je ein paar Würfel zusammen mit einer Prise geriebenem Emmentaler in den Boden jeder Muffinmulde geben.
Die Ei-Masse gleichmäßig über die Füllung gießen, dabei jede Mulde maximal zu zwei Dritteln füllen. Frisch geschnittenen Schnittlauch obenauf streuen.
Bei 180 °C Umluft 18–20 Minuten backen, bis die Oberfläche goldgelb ist und die Ränder leicht abstehen. Die Form 5 Minuten ruhen lassen, dann die Mini-Quiches vorsichtig herauslösen.